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我國首例輸入性裂谷熱病例病毒全基因組測(cè)序分析

潘陽; 崔淑娟; 陳麗娟; 呂燕寧; 盧桂蘭; 孫玉蘭; 李潔; 竇相峰; 李錫太; 黎新宇; 王全意 北京市疾病預(yù)防控制中心(北京市預(yù)防醫(yī)學(xué)研究中心)傳染病地方病控制所; 北京100013
  • 裂谷熱病毒
  • 全基因組測(cè)定
  • 二代測(cè)序
  • 基因變異
  • 進(jìn)化分析

摘要:目的對(duì)我國首例輸入性裂谷熱病例病毒進(jìn)行全基因組測(cè)定,分析其進(jìn)化來源及潛在變異。方法提取樣本核酸,非特異性反轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增病毒基因組RNA,使用Ion Torrent二代測(cè)序儀進(jìn)行病毒全基因組測(cè)定。對(duì)獲得的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行序列拼接、比對(duì)、進(jìn)化樹構(gòu)建和關(guān)鍵位點(diǎn)分析。結(jié)果通過測(cè)定獲得了病毒全基因組11979nt,該測(cè)定病毒屬E基因分支,序列與先前南非分離株Kakamas相似度最高(〉98%)。病毒Gn蛋白c端信號(hào)肽區(qū)存在1個(gè)氨基酸突變。結(jié)論本研究分析測(cè)定的裂谷熱病毒全基因組與目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出現(xiàn)明顯變異。

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