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通過生物信息學(xué)方法構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)篩選前列腺癌關(guān)鍵基因

葉蕓; 劉冰; 相蓮; 袁小華; 王雨琛; 李蘇亮 西安醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院輸血科; 西安710077
  • 前列腺癌
  • 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
  • 關(guān)鍵基因
  • 生物信息學(xué)

摘要:目的利用生物信息學(xué)方法揭示和研究與前列腺癌(PCa)相關(guān)的分子機(jī)制中潛在功能基因。方法從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的GSE64318和GSE46602數(shù)據(jù)集獲得原始基因表達(dá)譜,使用以R軟件limma包為基礎(chǔ)在線工具GEO2R對(duì)兩組基因表達(dá)進(jìn)行差異分析。通過預(yù)測(cè)差異表達(dá)的miRNA,mRNA和lncRNA之間的相互作用及作用靶基因,構(gòu)建mRNA-miRNA-lncRNA相互作用網(wǎng)絡(luò)。對(duì)差異表達(dá)的miRNA和miRNA的靶基因進(jìn)行GO分析和KEGG通路富集分析并構(gòu)建蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果研究結(jié)果表明60個(gè)miRNAs、1 578個(gè)mRNAs和61個(gè)lncRNAs在PCa中有差異表達(dá)。mRNA-miRNA-lncRNA網(wǎng)絡(luò)由5個(gè)miRNA、13個(gè)lncRNA和45個(gè)mRNA組成。差異表達(dá)基因主要富集于細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì),參與調(diào)控轉(zhuǎn)錄,與序列特異性DNA結(jié)合相關(guān),并且參與調(diào)控PI3K-Akt信號(hào)通路,這些通路與癌癥和局灶性粘連信號(hào)通路有關(guān)。此外,6個(gè)mRNA(EGFR、VEGFA、PIK3R1、DLG4、TGFBR1和KIT)在相互作用網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。結(jié)論通過建立和分析前列腺癌調(diào)控網(wǎng)絡(luò),為進(jìn)一步研究前列腺癌的發(fā)生過程及其發(fā)展提供了有價(jià)值的線索。

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