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不同16S rDNA高變區(qū)選擇對(duì)細(xì)菌性陰道病菌群研究差異比較

劉瑛; 張瓊瓊; 張蕾; 王穎; 呂濤; 陶址; 黃振宇; 廖秦平 清華大學(xué)附屬北京清華長(zhǎng)庚醫(yī)院婦產(chǎn)科; 北京102218; 清華大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)院; 北京100084
  • 16s
  • rdna高通量測(cè)序
  • 引物
  • 陰道菌群
  • 菌群多樣性

摘要:目的:分析不同16S rDNA高變區(qū)對(duì)細(xì)菌性陰道病菌群研究的差異,為選擇合適的高變區(qū)擴(kuò)增細(xì)菌性陰道病菌群提供理論依據(jù)。方法:選取2017年10月至2018年5月于北京清華長(zhǎng)庚醫(yī)院婦科門診就診的28例健康女性和10例細(xì)菌性陰道病患者,收集患者的陰道分泌物,提取細(xì)菌總DNA,分別用兩對(duì)引物27F/338R和341F/806R對(duì)細(xì)菌16S rDNA的V1/V2區(qū)和V3/V4區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增后測(cè)序,通過分析兩個(gè)高變區(qū)擴(kuò)增后Alpha和Beta多樣性及菌群結(jié)構(gòu)的差異,比較兩個(gè)高變區(qū)在細(xì)菌性陰道病菌群研究上的優(yōu)勢(shì)。結(jié)果:16S rDNA的V3/V4區(qū)擴(kuò)增的引物較V1/V2區(qū)能擴(kuò)增出更多的陰道菌種。V1/V2區(qū)擴(kuò)增BV樣本的加德納菌豐度偏低。通過V3/V4區(qū)的擴(kuò)增,無(wú)法將陰道健康樣本中卷曲乳桿菌與母雞乳桿菌區(qū)分開。結(jié)論:16S rDNA的V3/V4區(qū)較V1/V2區(qū)更適用于細(xì)菌性陰道病菌群結(jié)構(gòu)及豐度分析。

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現(xiàn)代婦產(chǎn)科進(jìn)展

  • 預(yù)計(jì)1-3個(gè)月 預(yù)計(jì)審稿周期
  • 1.09 影響因子
  • 醫(yī)學(xué) 快捷分類
  • 月刊 出版周期

主管單位:中華人民共和國(guó)教育部;主辦單位:山東大學(xué);現(xiàn)代婦產(chǎn)科進(jìn)展編輯委員會(huì)

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